重庆市第五人民医院病理科建于1984年，是重庆市较早拥有独立病理科的市级医院之一。病理科2010年底被确立为南岸区病理诊断中心，2019年成为首批重庆市市级临床重点专科，2022年又确立成为南岸区病理质控中心。病理科设施设备先进、开展的病理业务项目全面，包括临床常规组织病理诊断、细胞病理诊断、术中快速冰冻切片技术、免疫组织/细胞化学及特殊染色技术、分子病理诊断技术等。科室承担了本院及南岸区各友邻医院患者的临床病理诊断、疑难病例会诊、科研和教学工作，还承担国家卫计委城市癌症早诊早治项目活检病理诊断及重庆市卫计委妇女两癌南岸区妇女、多个大中型单位健康体检的细胞学筛查工作，是重庆市江南片区规模最大、设备最先进、技术实力最强的临床病理科。
病理科人员学科梯队结构合理，技术力量雄厚。现有在岗人员7人，其中主任医师1人，博士1人，硕士1人。4人担任重庆市医学会病理专委会委员，1人担任重庆市医师协会病理科医师分会第二届常务委员、重庆市医师协会职业病医师分会第一届委员会职业性肺病学组常务委员。
1.组织病理检查：对手术及活检组织标本进行常规病理诊断，明确病变性质，判断恶性肿瘤生长、侵犯、转移的程度和范围，以及对疾病的发展程度和治疗反应进行观察，指导临床分期和治疗；
2.细胞病理检查：对妇科（宫颈细胞）及非妇（痰、胸腔积液、腹腔积液、脑脊液、支气管刷片等）细胞标本进行病理诊断，对肿块行细针或粗针穿刺涂片作细胞学诊断，同时还可以制备细胞蜡块进一步做免疫酶标分析；
3.快速病理检查：为临床手术科室提供紧急会诊，手术中确定病变的性质（炎症、肿瘤及其良恶性）；确定切除肿瘤的边缘有无癌组织残留；确认切除组织的来源；确定切除的淋巴结有无转移及转移程度；以帮助临床医生确定手术方案；
4.免疫组织化学：本科室拥有较齐全的临床常见抗体试剂和特殊染色试剂，能对常规组织蜡块及细胞蜡块进行免疫标记和特殊染色，帮助明确病变来源、肿瘤性质和类型、提示预后，指导临床个性化治疗；
5. 分子病理：现已开展几十项分子病理检测项目，主要包括高危型和低危型HPV病毒分型检测、人乳头瘤病毒（HPV）E6/E7mRNA检测、HER2荧光原位杂交（FISH）检测、软组织肿瘤相关基因荧光原位杂交（FISH）检测、淋巴瘤相关基因荧光原位杂交（FISH）检测、结核分支杆菌复合群核酸（TB）检测、EGFR基因突变检测、B-raf基因V600E突变检测、K-ras基因突变检测、人Ros1融合基因检测、ALK融合基因检测、EBER原位杂交检测等；
6. 免疫荧光染色检查：已开展真菌免疫荧光染色检测、抗酸分枝杆菌免疫荧光染色检测，为临床对真菌及抗酸分枝杆菌感染的诊断及用药提供可靠依据；
7.病理咨询：对相关病理问题进行咨询；
8. 病理会诊：接受全市各医院和全区病人的病理会诊。